Основными целями деятельности ФГБУЗ ДВОМЦ ФМБА России являются медико-санитарное обеспечение работников организаций отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда, в том числе имеющих профессиональные заболевания, оказание им медицинской помощи, включая специализированную, в том числе высокотехнологичную, медицинскую помощь в соответствии с перечнем обслуживаемых Федеральным медико-биологическим агентством организаций, утверждаемым Правительством Российской Федерации, а также медико-санитарное и медико-биологическое обеспечение спортсменов сборных команд Российской Федерации и их ближайшего резерва