Институт создан 1 июня 1971 года на базе Отдела технической кибернетики Дальневосточного филиала СО АН СССР и Объединенного вычислительного центра вузов г. Владивостока и ДВНЦ Сибирского отделения АН СССР.
Сегодня Институт занимает ведущие позиции на Дальнем Востоке России в области физико-математических и технических наук. В ИАПУ ДВО РАН работают 260 человек, из которых - 4 члена Российской академии наук, 32 доктора и более 80 кандидатов наук. Широким фронтом ведутся исследования в области теории управления сложными системами, математического моделирования экологических систем, машинной графики, теории информатики, технологии суперкомпьютерных вычислений, технической диагностики оборудования, спутникового мониторинга природных процессов, механики твердых тел, жидкости и газов, оптоэлектронных методов исследования газообразных и конденсированных сред, физики поверхности твердых тел и физики полупроводниковых наноструктур.
В Институте успешно работают четыре ведущие научные школы под руководством члена-корреспондента РАН Ю.Н. Кульчина по лазерной физике, академика В.А. Левина по динамике жидкостей и газов, член-корреспондента РАН А.А. Саранина по физике поверхности полупроводников и член-корреспондента РАН А.А. Буренина по теории упругопластических деформаций в твердых телах.
Исследования ученых ИАПУ получают значительную поддержку Российского фонда фундаментальных исследований. Проводятся исследования по Программам Минобрнауки РФ, Президиума РАН, отделений Президиума РАН, Дальневосточного отделения РАН, интеграционным проектам с Сибирским и Уральским отделениями РАН. Институт единственный на Дальнем Востоке подписал Меморандум о сотрудничестве с некоммерческой организацией "Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий (Фонд "Сколково"). ИАПУ - активный участник международных научных программ. Ежегодно несколько проектов, выполняемых сотрудниками института, финансируются международными фондами, такими как Национальный научный совет Тайваня, Государственный фонд естественных наук Китая, а также Академией наук Финляндии, Венгерской академией наук.
