ИПМ ДВО РАН был создан 1 июля 1988 года на основе отдела прикладной математики Вычислительного центра Дальневосточного отделения Академии наук СССР (основание — приказ по Дальневосточному отделению Российской академии наук от 29 января 1988 года N 16034-30d "Об организации Института прикладной математики"). Институт находится в городе Владивостоке и имеет отделение в городе Хабаровске. Институт ведет исследования в области теоретической и прикладной математики в соответствии с Уставом Российской академии наук. РАН, Отделение математики и Отделение информатики, вычислительной техники и автоматизации Российской академии наук утверждают основные направления деятельности, пятилетние и годовые планы Института. С 1988 по 1992 год Институт возглавлял член-корреспондент РАН В.П. Коробейников, а с 1992 года по ноябрь 2007 года директором был член-корреспондент РАН Н.В. Кузнецов. С ноября 2007 года Институт возглавляет член-корреспондент РАН М.А. Гузев.